Οι κατακόμβες της Μήλου είναι το μοναδικό παλαιοχριστιανικό μνημείο στην Ελλάδα και το δεύτερο σε σημασία στην Ευρώπη, μετά τις κατακόμβες της Ρώμης.

Είναι ένα υπόγειο δίκτυο διαδρόμων μήκους 200μ., που αποτελούσε τόπο λατρείας και νεκροταφείο των πρώτων Χριστιανών του νησιού.

Στους τοίχους και το δάπεδο υπάρχουν πάνω από 1.000 συρταρωτοί  τάφοι, στους οποίους υπολογίζεται ότι έχουν ταφεί 1.500 - 2.000 νεκροί.
Οι κατακόμβες δημιουργήθηκαν γύρω στον 1ο αιώνα μ.Χ., και ανακαλύφθηκαν το 1843.

Σήμερα, μία μονάχα στοά είναι ανοιχτή για το κοινό.

Την κατασκευή τους διευκόλυνε το σαθρό έδαφος της Τρυπητής και ο μαλακός ηφαιστειακός τόφφος, στον οποίο λαξεύτηκαν.

Στη Μήλο υπάρχουν πάνω από 350 εκκλησίες και ξωκλήσια, καθώς και 2 μοναστήρια.

Οι περισσότερες εκκλησίες είναι χτισμένες σύμφωνα με το απλό αιγαιοπελαγίτικο στιλ, ολόασπρες και μικρές, με θολωτές οροφές.

Η βυζαντινή Παναγία του Κήπου είναι η παλαιότερη εκκλησία του νησιού. Στο εσωτερικό της υπάρχουν μαρμάρινα τμήματα σαρκοφάγου των Ελληνιστικών χρόνων.

Η Αγία Τριάδα στον Αδάμαντα, μία από τις αρχαιότερες της Μήλου, είναι αρχιτεκτονικά ιδιόμορφη και διαθέτει σπάνιες κρητοβυζαντινές εικόνες.

Η Παναγία η Θαλασσήτρα θεωρείται προστάτρια των ναυτικών του νησιού.