Milos possède des espèces rares de faune et de flore, un grand nombre de biotopes, des formations géologiques uniques et une richesse minérale inestimable.

L’ouest de Milos, inséré dans le réseau Natura 2000 de l’Union européenne, conserve un nombre important d’espèces endémiques rares et menacées de reptiles, d’oiseaux et d’invertébrés. La région est considérée unique en raison de la présence de deux espèces protégées, prioritaires pour l’Union européenne : la vipère de Milos et le phoque méditerranéen.  

Les formations rocheuses de la côte et les versants abrupts de l’île représentent des refuges naturels pour de nombreuses espèces de la faune et de la flore, et, avec les sommets de Prophitis Ilias,  accueillent les nids de rares oiseaux de proie. 

Milos est caractérisée par des formations rocheuses multiformes, comme les blocs rocheux de Kleftiko, qui jaillissent de la mer, les îlots rocheux volcaniques Arkoudes et ceux verticaux de Glaronissia. 

L’île possède de nombreuses grottes – notamment celles de Papafrangas et de Vromolimni – qui étaient utilisées comme repaires de pirates, lieux de cultes secrets et cachettes en temps de guerre.