Elle fut l’une des villes préhistoriques les plus importantes de l’Égée, et matrice de la civilisation la plus ancienne des Cyclades.

Dans la région, on a retrouvé des traces de vie datant de 3 300 à1 100 av. J.-C.

Elle a commencé à être habitée vers 2 300 av. J.-C.

Elle a été détruite et reconstruite trois fois.

Elle a connu son apogée grâce au traitement et au commerce de l’obsidienne, une pierre volcanique noire et dure servant à la fabrication de couteaux, d’outils et de flèches.  

Elle a particulièrement développé la poterie, l’art des sceaux et l’orfèvrerie, comme le montrent les remarquables pièces exposées dans les musées d’Athènes et de Milos.   

Les ruines de la ville ont été découvertes en 1896.

Les fouilles réalisées par l’École archéologique anglaise ont mis à jour les installations d’habitations de trois villes datant respectivement de l’époque protominoenne, minoenne - post-minoenne et mycénienne.  

Dans le site archéologique de Phylakopi, se distinguent l’imposante muraille cyclopéenne, le sanctuaire et le Mégaron.

Parmi les trouvailles des fouilles figure la célèbre Déesse ou Dame de Phylakopi, provenant du sanctuaire mycénien du XIVe siècle av. J.-C.