Milos ospita singolari specie di flora e fauna, un gran numero di habitat, delle formazioni geologiche uniche ed un’inestimabile ricchezza minerale.

La parte ovest di Milos, che fa parte della rete Natura 2000 dell’U.E.,  conserva un notevole numero di specie endemiche, rare ed in via di estinzione, di rettili, uccelli ed invertebrati. La zona è ritenuta particolare per la presenza di due specie protette su priorità dell’Unione Europea: la Vipera di Milos e la Foca Mediterranea.

Le formazioni rocciose della linea costiera ed i pendii ripidi dell’isola, costituiscono dei rifugi naturali per numerose specie della flora e della fauna, mentre, unitamente alle cime del monte Profitis Ilias, ospitano i nidi di rare specie di uccelli rapaci.

Milos è caratterizzata da formazioni rocciose multiforme, come i macigni di «Kleftiko» che emergono dal mare, gli isolotti di origine vulcanica «Arkoudes» e gli scogli stretti e verticali come funghi, anch’essi di origine vulcanica – noti come «Glaronissia».

Molte sono le grotte sull’isola – tra cui quelle di «Papafranga» e di «Vromolimni» - utilizzate come covi di pirati, luoghi di culto o nascondigli in tempo di guerra.